Den gamle skolen er innredet med skolemateriell som pulter, plansjer, globuser, bøker m.m, og holder åpent ved arrangement. I dag kan man ikke uten videre se at dette er en gammel skole. Klokkergården ser ut som et vanlig bolighus, av typen nordlandshus eller nordlandslån. Dette var et typisk trekk ved skolebygningene før og like etter 1860. Arkitekturen varierte av hvor og når de var bygd. En særegen skolehusarkitektur ble ikke vanlig før mot slutten av 1800-tallet.
Klokkergården fungerte som folkeskole fram til 1886. Da ble en ny skole bygd på nabotomta. Men klokkeren bodde her fortsatt fram til 1921, og skoleinternatet var i bruk fram til 1890-tallet. I tillegg var det periodevis privat sykehus og bokhandel i huset. Fra 1936 til 1940 hadde Nesna Sanitetsforening sykestue med sju sengeplasser. Sykesøsteren bodde også i bygningen. I okkupasjonsårene brukte tyskerne Klokkergården som bolig, delvis også som lasarett.
I etterkrigstida har Klokkergården vært utleiebolig. Klokkergården ble utvendig restaurert i 1995 i forbindelse med at den var Nesna kommunes bidrag til prosjektet Fotefar mot nord. Utgangspunktet var stilen anno 1900. I 2000 overtok museet på Nesna forvaltningen av bygningen, men den eies fortsatt av Nesna kommune.
